Het dossier van het kindermisbruik in de Kerk vormt wellicht het grootste dieptepunt uit de jarenlange loopbaan van Godfried Danneels.
De vroegere aartsbisschop word verweten dat hij niet doortastend genoeg heeft opgetreden toen hij geconfronteerd werd met de zaak-Vangheluwe en met andere misbruikdossiers.
Hoewel het misbruikschandaal rond de Brugse bisschop Roger Vangheluwe en 'Operatie Kelk' - het grootschalige gerechtelijk onderzoek naar zedenmisdrijven in de Kerk - dateren van kort na Danneels' afscheid van het aartsbisdom, worden deze dossiers toch gezien als een serieuze smet op zijn blazoen.
Zaak Roger Vangheluwe
Danneels was in 1998 al eens voor de rechter verschenen. Hij werd toen gehoord in een zaak tegen André Vander Lijn, een priester uit Sint-Gillis die bekend had dat hij verschillende minderjarige jongens seksueel had misbruikt. Het was meteen de eerste keer dat een kardinaal in ons land voor het wereldlijk gerecht was verschenen. In eerste instantie werd Danneels nog als "werkgever" burgerlijk aansprakelijk gesteld in deze zaak, maar in beroep ging hij vrijuit. Maar de bom barstte pas echt in april 2010, toen bekend raakte dat de Brugse bisschop Roger Vangheluwe een neefje seksueel had misbruikt. De Kerk kwam in het oog van de storm terecht, en ook kardinaals Danneels ontsnapte niet aan de kritiek. Hij zou als aartsbisschop veel te laks zijn omgesprongen met de dossiers. Ook zou hij geprobeerd hebben om de zaak binnenskamers te houden, omdat hij de reputatie van de Kerk boven het lot van de slachtoffers had gesteld. Overigens kwam die kritiek ook uit de Kerk zelf, onder meer van ex-priester Rik Devillé en zijn Werkgroep Mensenrechten in de Kerk. Volgens Devillé was Danneels al in de jaren negentig op de hoogte van het misbruik dat door Vangheluwe gepleegd werd.
Danneels ontkende die aantijgingen ten stelligste. Hij zou pas begin april 2010 een eerste gesprek hebben gehad met de ontslagnemende bisschop en diens misbruikte neef. Danneels woonde dat gesprek bij, hoewel hij als aartsbisschop eigenlijk al opgevolgd was door André-Jozef Léonard. "Er is van mijnentwege nooit maar een schijn van een poging ondernomen om de zaak in de doofpot te stoppen of er de mantel van de geheimhouding over te gooien", verklaarde hij daarover. Maar op 28 augustus 2010 publiceerde De Standaard een transcriptie van dat gesprek tussen Vangheluwe, zijn neef en kardinaal Danneels. Daaruit bleek dat Danneels het slachtoffer probeerde te overhalen het stilzwijgen te bewaren, toch zeker tot na het emeritaat van Vangheluwe.
Operatie Kelk
Intussen was al een grootschalige huiszoeking, de zogeheten Operatie Kelk, bij de kardinaal op rust uitgevoerd, waarbij ook zijn computer in beslag werd genomen. Het gerechtelijk onderzoek moest nagaan of de leiding van de Belgische katholieke Kerk al dan niet strafbaar is voor pogingen om kindermisbruik in de doofpot te stoppen. De speurders van de federale gerechtelijke politie vielen niet enkel binnen in de kantoren en de privéwoning van Dannneels, maar ook in het aartsbisdom Mechelen-Brussel, de Sint-Romboutskathedraal, het Rijksarchief en bij de commissie-Adriaenssens, de kerkelijke commissie die zich over het kindermisbruik boog.
Later zou de Kamer van Inbeschuldigingstelling oordelen dat verschillende van die huiszoekingen - onder meer die bij kardinaal Danneels - nietig zijn. Maar hoe dan ook vormde die hele affaire een donkere periode voor de kardinaal, die ook even aangeschoten wild was in de media. Dat laatste bleek bijvoorbeeld toen er in in juli 2010 bericht werd over een naaktfoto van een minderjarig meisje dat op zijn computer was teruggevonden. Al snel bleek echter dat het ging om een kunstfoto die was ingestuurd voor de Canvascollectie, een kunstwedstrijd die door Canvas georganiseerd werd. Bij het bekijken van een artikel op de nieuwssite werd het beeld automatisch opgeslagen op Danneels' laptop.
